Вход для сотрудников

Федеральное государственное бюджетное научное учреждение
«ФЕДЕРАЛЬНЫЙ НАУЧНЫЙ ЦЕНТР ПИЩЕВЫХ СИСТЕМ
ИМ. В.М.ГОРБАТОВА»
Российской Академии Наук

УДК 637.5:579.25
Ил. 3. Табл. 2. Библ. 24.

DOI: 10.21323/2071-2499-2021-2-64-67

Изучение микробной популяции фаршей сырокопчёных колбас с помощью высокопроизводительного секвенирования

Зайко Е.В.1, Юшина Ю.К.1, канд. техн. наук, Груздев Е.В.2, Белецкий А.В.2, Марданов А.В.2, доктор биол. наук, Батаева Д.С.1, канд. техн. наук, Семенова А.А.1, доктор техн. наук
1 ФНЦ пищевых систем им. В.М. Горбатова
2 Институт биоинженерии, ФИЦ Биотехнологии РАН

Ключевые слова: сырокопчёные колбасы, секвенирование, микрофлора,
Реферат:
Приведены результаты исследования по изучению разнообразия микробной популяции фарша, используемого для производства сырокопчёных колбас. Состав бактериального сообщества фарша был идентифицирован секвенированием ампликонов вариабельного региона V3-V4 гена 16S рРНК на платформе Illumina MiSeq. Было установлено, что в образцах распространены две ключевые группы микроорганизмов: Gammaproteobacteria (филума Proteobacteria) отрядов Enterobacteriales и Pseudomonadales, а также Firmicutes класса Bacilli. Среди изученных микроорганизмов были выделены как бактерии вызывающие порчу, такие как Pseudomonas spp., Brochothrix thermosphacta, так и патогенные бактерии, такие как Escherichia spp., Shigella spp. Помимо вышеупомянутых микроорганизмов, вызывающих порчу, из мяса также были выделены бактерии, которые повсеместно встречаются в окружающей среде, например, Staphylococcus spp., Streptococcus spp. и Macrococcus spp. Эта работа была направлена на углубление понимания микробных сообществ в фарше, что в дальнейшем поможет стабилизировать и улучшить характеристики сырокопчёных колбас.


Study of the microbial population of minced meat used for the production of raw smoked sausage using high-throughput sequencing

Zayko E.V.1, Yushina Y.K.1, Gruzdev E.V.2, Beletsky A.V.2, Mardanov A.V.2, Bataeva D.S.1, Semenova A.A.1
1 Gorbatov Research Center for Food Systems
2 Institute of Bioengineering, Research Center of Biotechnology RAS

Key words: raw smoked sausages, sequencing, microflora
Summary:
The results of a study on the diversity of the microbial population of minced meat used for the production of raw smoked sausages are presented. The composition of the bacterial community of minced meat was identified by sequencing the amplicons of the variable region V3-V4 of the 16S rRNA gene on the Illumina MiSeq platform. It was found that three key groups of microorganisms are distributed in the samples: Gammaproteobacteria (phylum Proteobacteria) of the orders Enterobacteriales and Pseudomonadales, as well as Firmicutes of the class Bacilli. Among the microorganisms studied, both spoilage bacteria, such as Pseudomonas spp., Brochothrix thermosphacta, and pathogenic bacteria, such as Escherichia spp., Shigella spp. were isolated. In addition to the aforementioned spoilage microorganisms, bacteria that are ubiquitous in the environment have also been isolated from meat, such as Staphylococcus spp., Streptococcus spp. and Macrococcus spp. This work was aimed at deepening understanding of microbial communities in minced meat, which will further help stabilize and improve the characteristics of raw sausages.


СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ / REFERENCES:

1. Ducic, M. The fate and pasteurization-based inactivation of Escherichia coli O157, Salmonella Typhimurium and Listeria monocytogenes in dry, fermented sausages / M. Ducic, N. Klisara, S. Markov, B. Blagojevic, A. Vidakovic, S. Buncic // Food Control. –2016. – № 59. – P. 400–406.

2. Rivera-eyes, M. Pathogen reductions associated with traditional processing of landjäger / M. Rivera-eyes, J.A. Campbell, C.N. Cutter // Food Control. – 2017. – № 73. – P. 768–774.

3. Kérouanton, A. Characterization of Staphylococcus aureus strains associated with food poisoning outbreaks in France / A. Kérouanton, J.A. Hennekinne, C. Letertre et al. // International Journal of Food Microbiology. – 2007. – № 3. – P. 369–375.

4. Hennekinne, J.-A. Staphylococcus aureus and its food poisoning toxins: characterization and outbreak investigation / J.-A. Hennekinne, M.-L. De Buyser, S. Dragacci // FEMS Microbiology Reviews. – 2012. – № 4. – Р. 815–836.

5. Lindqvist, R. Inactivation of Escherichia coli, Listeria monocytogenes and Yersinia enterocolitica in fermented sausages during maturation/storage / R. Lindqvist, M. Lindblad // International Journal of Food Microbiology. – 2009. – № 1. – Р. 59–67.

6. Heir, E. Reduction of verotoxigenic Escherichia coli by process and recipe optimization in dry-fermented sausages / E. Heir, A.L. Holck, M.K. Omer et al. // International Journal of Food Microbiology. – 2010. – № 3. – Р. 195–202.

7. Зайко, Е.В. Распространённость и устойчивость к антибиотикам патогенных микроорганизмов, выделенных из мяса различных видов животных / Е.В. Зайко, А.А. Панченко, Д.М. Cатабаева, Д.С. Батаева // Все о мясе. – 2019. – № 3. – С. 42–45. DOI: 10.21323/2071–2499–2019–3–42–45.

Zayko, Ye.V. Rasprostranonnost’ i ustoychivost’ k antibiotikam patogennykh mikroorganizmov, vydelennykh iz myasa razlichnykh vidov zhivotnykh [Prevalence and resistance to antibiotics of pathogenic microorganisms isolated from the meat of various animal species] / Ye.V. Zayko, A.A. Panchenko, D.M. Catabayeva, D.S. Batayeva // Vsyo o myase. – 2019. – № 3. – P. 42–45. DOI: 10.21323/2071–2499–2019–3–42–45.

8. Kjeldgaard, J. Residual antibiotics disrupt meat fermentation and increase risk of infection / J. Kjeldgaard, M.T. Cohn, P.G. Casey, C. Hill, H. Ingmer // Mbio. – 2012. – № 3. – e00190–12.

9. Cocolin, L. The late blowing in cheese: a new molecular approach based on PCR and DGGE to study the microbial ecology of the alteration process / L. Cocolin, N. Innocente, M. Biasutti, G. Comi // Int. J. Food Microbiol. – 2004. – № 90. – P. 83–91.

10. Cocolin, L. Culture independent methods to assess the diversity and dynamics of microbiota during food fermentation / L. Cocolin, V. Alessandria, P. Dolci, R. Gorra, K. Rantsiou // Int. J. Food Microbiol. – 2013. – № 167. – P. 29–43.

11. Zhanggen, L. Bacterial community and composition in Jiang-shui and Suan-cai revealed by high-throughput sequencing of 16S rRNA / L. Zhanggen, J. Li, B. Wei, T. Huang, Y. Xiao, Zh. Peng, M. Xie, T. Xiong // International Journal of Food Microbiology. – 2019. – № 306. – P. 108271.

12. Alizadeh-Hesar, M. Clonal dissemination of a single Shigella sonnei strain among Iranian children during fall 2012 in Tehran IR Iran / M. Alizadeh-Hesar, B. Bakhshi, S. Najar-Peerayeh // Infect. Genet. Evol. – 2015. – № 34. – P. 260–266.

13. Ram, P.K. Part II. Analysis of data gaps pertaining to Shigella infections in low and medium human development index countries, 1984–2005 / P.K. Ram, J.A. Crump, S.K. Gupta, M.A. Miller, E.D. Mintz // Epidemiol. Infect. – 2008. – № 136. – P. 577–603.

14. Zaidi, M.B. Shigella: a highly virulent and elusive pathogen / M.B. Zaidi, T. Estrada-García // Curr. Trop. Med. – 2014. – P. 81–87.

15. WHO. Antimicrobial resistance: global report on surveillance 2014. Switzerland, Geneva, 2014.

16. Gyles, C.L. Shiga toxin-producing Escherichia coli: an overview / C.L. Gyles // J. Anim. Sci. – 2007. – № 85. – P. E45-E62. DOI: 10.2527/jas.2006–508.

17. Sartz, L. An outbreak of Escherichia coli O157: H7 infection in southern Sweden associated with consumption of fermented sausage; aspects of sausage production that increase the risk of contamination / L. Sartz, B. De Jong, M. Hjertqvist, L. Plym-Forshell, R. Alsterlund, S. Löfdahl, B. Osterman, A. Ståhl, E. Eriksson, H.-B. Hansson, D. Karpman / Epidemiol. Infect. – 2008. – № 136. – P. 370–380. DOI: 10.1017/S0950268807008473.

18. Schimmer, B. Outbreak of haemolytic uraemic syndrome in Norway caused by stx(2)-positive Escherichia coli O103: H25 traced to cured mutton sausages / B. Schimmer, K. Nygard, H.M. Eriksen, J. Lassen, B.A. Lindstedt, L.T. Brandal, G. Kapperud, P. Aavitsland // BMC Infect. Dis. – 2008. – № 8. – P. 10.

19. Ethelberg, S. Outbreak of Non-O157 Shiga toxin-producing Escherichia coli infection from consumption of beef sausage / S. Ethelberg, B. Smith, M. Torpdahl, M. Lisby, J. Boel, T. Jensen, E.M. Nielsen, K. Molbak // Clin. Infect. Dis. – 2009. – № 48. – P. E78-E81.

20. Rode, T.M. Shiga toxigenic Escherichia coli show strain dependent reductions under dry-fermented sausage production and post-processing conditions / T.M. Rode, A. Holck, L. Axelsson, M. Høy, E. Heir // Int. J. Food Microbiol. – 2012. – № 155. – P. 227–233.

21. Wang, X. Comparison of bacterial diversity profiles and microbial safety assessment of salami, Chinese dry-cured sausage and Chinese smoked-cured sausage / X. Wang, Y. Zhang, H. Ren, Y. Zhan // LWT. – 2018. – № 90. – P. 108–115.

22. Gribble, A. Spoilage characteristics of Brochothrix thermosphacta and campestris in chilled vacuum packaged lamb, and their detection and identification by real time PCR / A. Gribble, G. Brightwell // Meat Sci. – 2013. – № 94. – P. 361–368200.

23. Ercolini, D. Changes in the spoilage-related microbiota of beef during refrigerated storage under different packaging conditions / D. Ercolini, F. Russo, E. Torrieri, P. Masi, F. Villani // Appl. Environ. Microbiol. – 2006. – № 72. – P. 4663–4671.

24. Kadariya, J. Staphylococcus aureus and staphylococcal food-borne disease: an ongoing challenge in public health / J. Kadariya, T. Smith, D. Thapaliya // Biomed. Res. Int. – 2014. – P. 2014.


Контакты:

Зайко Елена Викторовна
e.zaiko@fncps.ru
Юшина Юлия Константиновна
yu.yushina@fncps.ru
Батаева Дагмара Султановна
+7 (495) 676–60–11
d.bataeva@fncps.ru
Груздев Евгений Владимирович
gruev@yandex.ru
Белецкий Алексей Владиславович
mortu@yandex.ru
Марданов Андрей Владимирович
mardanov@biengi.ac.ru
Семенова Анастасия Артуровна
a.semenova@fncps.ru

Для цитирования:

Зайко, Е.В. Изучение микробной популяции фаршей сырокопчёных колбас с помощью высокопроизводительного секвенирования / Е.В. Зайко, Ю.К. Юшина, Е.В. Груздев, А.В. Белецкий, А.В. Марданов, Д.С. Батаева, А.А. Семенова // Все о мясе. – 2021. – № 2. – С. 64-67

For citation:

Zayko, E.V. Study of the microbial population of minced meat used for the production of raw smoked sausage using high-throughput sequencing / E.V. Zayko, Y.K. Yushina, E.V. Gruzdev, A.V. Beletsky, A.V. Mardanov, D.S. Bataeva, A.A. Semenova // Vsyo o myase





Политика конфиденциальности

Противодействие коррупции

Карта сайта

Яндекс цитирования Яндекс.Метрика